در تاریخ 21/8/1969 (بیست و یکم آگوست) رژیم صهیونیستی اعلام کرد یک فرد دیوانه بنام دنیس مایکل روهان \\\" Michael Dennis Rohan\\\" مسجدالاقصی را به آتش کشید. گرچه اسراییلیها اعلام داشتند که این فرد استرالیایی یک مسیحی دیوانه بود لیکن برخی منابع معتبر نیز بر این عقیده هستند که ایشان یک یهودی توریست بود و از لحاظ سلامت عقلی نیز هیچ مشکلی نداشت. همچنین آثار حریق دلالت بر آن دارد که اشخاص دیگری روهان را در آتش زدن این مسجد از خارج آن و از یکی از پنجره‌های مشرف به درب‌المغاربه (که اسراییلیها آن را منهدم کردند) هدایت و یاری رسانیدند.
بخش به آتش کشیده مسجدالاقصی 1500 متر مربع از 4400 متر مربع مساحت کلی مسجد را در بر می‌گرفت. در این آتش‌سوزی منبر صلاح‌الدین ایوبی، مسجدعمر، محراب ذکریا، مقام الاربعین، سه رواق ممتد از جنوب به شمال با ستونها و ایوانها و تزئینات سقفی بر سطح مسجد فرو ریخت. دو ستون اصلی که گنبد روی آن استوار بود و اجزایی از گنبد داخلی که مزین بود محراب و دیوارهای جنوبی، پوشش مرمری و 48 پنجره گچی، شیشه‌های رنگی و فرشها، سوره اسراء که با کاشیهای معرق و تذهیب شده نوشته شده بود و از بالای محراب به سوی شرق امتداد داشت و بسیاری از تزئینات و آیات قرآنی طی این آتش‌سوزی از بین رفت. البته تلاش برای تخریب این مسجد به همین جا ختم نشد و چند بار دیگر نیز تلاشهایی متعددی در این راستا صورت گرفت که بشرح ذیل می‌باشد:
- در سال های 1982 و 1987 توسط ارتش اسراییل مراسمی نظامی در آنجا برگزار شد و با مقاومت فلسطینیان روبرو شد و 20 نفر از آنها شهید شدند.
- در سال 1996 نتانیاهو اجازه حفر تونل داد و در جریان اعتراض فلسطینیان 75 نفر کشته شدند.
- در سال 1997 دو اسراییلی به قصد انداختن سر خوک به داخل صحن مسجد بازداشت شدند آنها اعلام کردند که در آئین یهود، خوک نجس نیست.
- در7 ژوئن 1967 نیروهای اشغالگر کلیدهای درب غربی باب المغاربه را توقیف کردند و سپس این نیروها به سرعت، شهر را بعد از فرار اردنی ها تصرف کردند.
- در 9 ژوئن 1997 از برگزاری نماز جمعه ممانعت به عمل آمد. این اتفاق اولین باری بود که از زمان جنگهای صلیبی از 1187 میلادی تاکنون رخ داد.
- در 16 نوامبر 1969 نیروهای اشغالگر «کنج فخریه» در جنوب غربی حرم الشریف را اشغال کردند.
- در 14 آگوست 1970 گروه «گرشان شالوم» یک گروه افراطی که قصد داشتند مسجد را تخریب و به جای آن مسجد سلیمان را بنا کنند به زور وارد محوطه حرم شدند که طی یک درگیری، دهها نمازگزار فلسطینی مجروح شدند.
- در 19 آوریل 1980 یک گروه از خاخامها و بزرگان یهود یک کنفرانس نیمه مخفی برای پیدا کردن راههائی بمنظور آزادی معبد کوهستان از دست مسلمانان تشکیل دادند.
- در 28 آگوست 1980 اشغالگران، تونلی در زیر مسجد حفر کرد
- در 30 مارس 1982 نامه های متعددی به مقامات اوقاف اسلامی ارسال و از آنها خواسته شد تا معبد کوهستان را ترک کنند و اخطار داده شد که در غیر اینصورت نتایج وخیمی به خاطر اشغال معبد ما برای آنها بوجود خواهد آمد نامه به عبری ‌‌‌، انگلیسی ، فرانسوی ، اسپانیایی و لهستانی نوشته شده بود.
- در 11 آوریل 1982 یک سرباز اسراییلی بنام آلن گودمن با تفنگ M16به نمازگزاران شلیک کرد و 60 فلسطینی را کشته و مجروح نمود.
- در 26 مارس 1983 ورودی اصلی بخش وقفی بیت المقدس به خاطر حفاری های اسراییل تخریب شد.
- در 21 آگوست 1985 پلیس اسراییل به یهودیان افراطی اجازه داد ، در محوطه حرم به عبادت بپردازند.
- در 4 آگوست 1986 یک گروه از حاخامها یک قانون نهائی را صادر کردند که به یهودیان اجازه می داد در حرم شریف به عبادت بپردازند و درخواست کردند که در آنجا یک کمیته ایجاد کنند .
- در 12 می 1988 سربازان اسراییلی به سوی تظاهرات مسالمت آمیز مسلمانان در حرم الشریف آتش گشودند و حدود یکصد نفر از فلسطینیان را کشتند.
- در 8 آگوست 1990 مقامات اسراییل در مسجدالاقصی به قتل عام 22 نماز گزار و مجروح ساختن بیش از 200 نفر دست زدند.
- در 25 ژولای 1995 یک دادگاه عالی اسراییل قانونی را تصویب کرد که به یهودیان اجازه می داد در معبد کوهستان (مسجدالاقصی) عبادت کنند. سال 1982 شاهد یک سلسله تجاوزات مکرر صهیونیستها به حریم قدس شریف بوده است. در یازدهم آوریل، افراد یک گروه یهودی از پیروان سازمانهای افراطی یهودی «جنبش امنای جبل‌البیت» و «جنبش کاخ» به رهبری حاخام مائیرکاهانا تلاش کردند به داخل مسجدالاقصی یورش ببرند. بعدها روشن شد که این تلاش پوششی بوده است برای یک تهاجم مسلحانه به «قبه‌الصخره» این حرم مقدس توسط یکی از سربازان صهیونیست به نام «ایلین گوتمن» انجام شد و بر اثر آن دو تن از نگهبانان مسجد به شهادت رسیدند و آسیبهای فراوانی به قبه‌الصخره و ستونها و دیوارهای داخلی و خارجی مسجد وارد آمد. پیش از این تهاجم مسلحانه، سازمان هاگانا، چند نامه تهدیدآمیز برای اعضا شورای اوقاف قدس ارسال داشت که در آنها گفته شده بود اگر یهودیان از ورود به داخل مسجد همچنان منع شوند اعضای شورا به قتل خواهند رسید و مسجدالاقصی به آتش کشیده خواهد شد.